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生蚝属于滤食性贝类，其采食方式决定了它们容易在体内富集致病性微生物，特别是诺如病毒和副溶血性弧菌，在生蚝中很常见，每年都有因食用生蚝引起食物中毒的事件发生，所以不建议生食生蚝 。
有些人认为吃的时候蘸点醋和蒜杀杀菌就没事了，但实际上，蘸醋或蘸蒜都不足以杀死致病性微生物，该中毒还是会中毒 。还有人说自己生吃过好多次都没事，不用大惊小怪，我想说的是，并不是每只生蚝都有致病菌，也不是只要吃了致病菌就一定会生病，而且一个人吃了没事不代表换一个人吃也没事，总之，这是个概率问题，或者说是风险事件，运气好的人吃十次都不会中招，运气差的人说不定吃一次就倒下了 。
细菌病毒都怕热，把生蚝做熟了吃就安全了，比如炭烤生蚝、清蒸生蚝、焖烧生蚝等都是不错的选择 。
【生蚝吃生的还是熟的好】但有些生蚝的养殖条件可以达到生食标准，主要是生长水域非常清洁，不会使生蚝在生长过程中富集致病性微生物，或者在上市前对生蚝进行净化，使其达到生食标准，目前国内外都有可供生食的生蚝产品 。
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