乙肝病毒与其他一切微生物一样，存在于日常生活的许多角落和场合，人们往往在不经意之间感染上乙肝病毒 。据不完全统计，我国将有60%左右的人感染过乙肝病毒 。但各人感染过乙肝病毒的后果各有不同，部分人（尤其是成年人）感染乙肝病毒后都会凭借自身正常的免疫能力将乙肝病毒彻底清除，不留后患；少数人（尤其年幼者）感染乙肝病毒后，由于自身免疫能力的缺陷，不能将乙肝病毒彻底清除，致使乙肝病毒滞留于体内，成为乙肝病毒携带者，到了一定时候，导致慢性乙肝，重者形成肝硬化，甚至演变为原发性肝细胞癌（HCC） 。
《防治指南》提示：人感染乙肝病毒后，病毒持续6个月仍未被清除者称为慢性乙肝病毒感染 。感染时的年龄是影响乙肝慢性化的最主要原因 。乙肝病毒可以感染任何年龄的人，不同的感染方式和年龄有不同的自然过程 。乙肝病毒感染后的慢性携带率与感染的年龄密切相关，年龄越小，慢性化的可能性越大 。通常新生儿期感染乙肝病毒慢性化率为90%，5岁以下儿童感染乙肝病毒后的慢性化率为30%，而≥5岁人群感染乙肝病毒后的慢性化率为＜5% 。
《防治指南》提示：乙肝病毒感染的自然史，一般可分为三个时期，即免疫耐受期、免疫清除期及非活动或低（非）复制期 。
一、免疫耐受期
患者因免疫系统受到干扰或功能不足而无法在急性感染时将乙肝病毒清除而成为乙肝病毒携带者 。这种对外来病原体不产生免疫反应的现象称为免疫耐受 。在此期中由于机体免疫系统不对躲藏在肝细胞内的乙肝病毒发动攻击，宿主与病毒均和平共处相安无事 。
免疫耐受期的主要特点是乙肝病毒复制活跃，血清乙肝表面抗原（HBsAg）和e抗原（HBeAg)阳性，乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBVDNA）滴度较高（＞105拷贝/ml），血清谷丙转氨酶（ALT）水平正常，肝组织学无明显异常 。
二、免疫清除期
免疫耐受是一个主动而可变的免疫步骤，在免疫耐受期的患者会随着时间推移而递减其对乙肝病毒的免疫耐受，逐渐会对乙肝病毒产生免疫清除反应，并使肝细胞受到损伤 。临床上患者可有轻至中度的疲倦或不适感，但有许多人没有任何症状 。血清乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBVDNA）滴度＞105copies/ml（拷贝/毫升），谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）持续或间歇升高，肝组织学有坏死炎症等表现，严重者可出现黄疸甚至发生急性肝功能衰竭（重型乙肝）的临床表现 。在病毒未被完全清除前，血清乙肝e抗原（HBeAg）及乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBVDNA）仍阳性，但滴度较免疫耐受期时低 。
三、非活动或低（非）复制期
当机体免疫系统将绝大多数的乙肝病毒消灭之后便进入此期 。这时，病毒数量极少，故血清乙肝病毒e抗原（HBeAg)及乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBVDNA）多转为阴性，乙肝e抗体（抗HBe）阳性 。由于机体免疫反应已经停止，血清谷丙转氨酶（ALT）及谷草转氨酶（AST）均恢复正常，肝组织学无明显炎症 。所以有的资料称为感染后恢复期 。但乙肝表面抗原（HBsAg）仍持续阳性 。阴转率极低，最多为1％~2% 。有资料称＜8% 。
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