《防治指南》提示：在青少年和成人期感染HBV者中，仅5%~10%发展成慢性，一般无免疫耐受期 。早期即为免疫清除期，表现为活动性慢性乙型肝炎；后期为非活动或低(非)复制期，肝脏疾病缓解 。无论是围生(产)期和婴幼儿时期，或是在青少年和成人期感染HBV者，在其非活动或低(非)复制期的HBV感染者中，部分患者又可再活动，出现HBeAg阳转；或发生前C或C区启动子变异，HBV再度活动，但HBeAg阴性，两者均表现为活动性慢性乙型肝炎 。
儿童和成人HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者中，于5年和10年后发展为非活动或低(非)复制期的比例分别为50％和70％ 。在我国和亚太地区对非活动或低(非)复制期慢性HBV感染者自然史的研究尚不充分，但有资料表明，这些患者可有肝炎反复发作 。对一项684例慢性乙型肝炎患者的前瞻性研究表明，慢性乙型肝炎患者发展为肝硬化的估计年发生率为2．1％ 。另一项对HBeAg阴性慢性乙型肝炎患者进行平均9年(1～18．4年)随访，进展为肝硬化和HCC的发生率分别为23％和4．4％ 。发生肝硬化的高危因素包括病毒载量高、HBeAg持续阳性，ALT水平高或反复波动、嗜酒、合并HCV、HDV或HIV感染等 。HBeAg阳性患者的肝硬化发生率高于HBeAg阴性患者 。
慢性乙型肝炎患者中，肝硬化失代偿的年发生率约3％，5年累计发生率约16％ 。慢性乙型肝炎、代偿期和失代偿期肝硬化的5年病死率分别为0％～2％、14％~20％和70％~86％ 。其影响因素包括年龄、血清白蛋白和胆红素水平、血小板计数和脾大等 。自发性或经抗病毒治疗后HBeAg血清学转换，且HBVDNA持续转阴和ALT持续正常者的生存率较高 。
HBV感染是HCC的重要相关因素，HBsAg和HBeAg均阳性者的HCC发生率显著高于单纯HBsAg阳性者 。肝硬化患者发生HCC的高危因素包括男性、年龄、嗜酒、黄曲霉素、合并HCV或HDV感染、持续的肝脏炎症、持续HBeAg阳性及HBVDNA持续高水平(≥105拷贝／毫升)等 。在6岁以前受感染的人群中，约25％在成年时将发展成肝硬化和HCC 。但有少部分与HBV感染相关的HCC患者无肝硬化证据 。HCC家族史也是相关因素，但在同样的遗传背景下，HBV病毒载量更为重要 。
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