内分泌、代谢咖啡或等量的咖啡因肌注，使血中游离脂肪酸增多、血糖升高及儿茶酚胺升高 。有报告47例患有纤维囊性病妇女，以前每天耗用咖啡因量平均为190mg，少数患者每天耗用1380mg 。其中20例戒除甲基黄嘌呤(包括饮食在内)，出现了停药后症状，有的立即出现头痛并持续1～7天 。此20例中，13例在饮食中消除甲基黄嘌呤后1～6个月，所有可触及的乳腺结节及其他症状均消失 。仅1例27岁妇女继续用甲基黄嘌呤，纤维囊性病恢复 。结论是对纤维囊性病易感的妇女，食用含有咖啡因、茶碱及可可豆碱的咖啡、茶、柯拉子(Colas)及巧克力等，都是致病的因素 。其机制可能是甲基黄嘌呤抑制c.AMP和cGMP磷酸二酯酶的活性，则纤维囊性乳腺中的环核苷酸浓度比正常乳腺为高 。
皮肤 有报告发生荨麻疹者 。
对下一代的影响有报告人工授精时，应用咖啡因以改善人的精子活动是很危险的，因为可加强染色体损害并可损伤孕卵 。另有报道，妇女每天服用大量咖啡因易引起不孕症 。有两组研究咖啡因与胚胎中毒问题，一组父或母亲每天服咖啡因600mg以上，则自发流产、死胎及早产的发生率高;另一组每天喝咖啡8杯以上的妇女，胎儿先天性畸形的发生率大 。有报告3例缺指(趾)畸形者，他们的母亲都摄人大量的咖啡因 。虽然难以证实它们的因果关系，但缺指(趾)畸形是罕见的，应当考虑它们之间的联系 。有报告3例母亲在妊娠期服用过量的咖啡因，胎儿发生心律失常 。近来有的学者通过大量的资料进行科学地分析，认为咖啡因与妊娠的不良反应无关 。母亲一次服咖啡因150或300mg后60分钟，血清及乳汁中的浓度达高峰 。咖啡因在血清及乳汁中的蛋白结合率是低的，分别为25%及3.2% 。母亲喝一杯咖啡(150mg咖啡因)后1小时内所收集的乳汁，1L内含1.5mg咖啡因，婴儿所得到的咖啡因量是少的 。母亲反复喝咖啡，咖啡因在婴儿体内的蓄积量决定于母体的血清内及母乳内咖啡因的平均浓度、吃奶量，特别是婴儿清除咖啡因的速度 。
危险情况心肌易受激惹的患者，咖啡因可致心律失常，应限制应用 。婴儿应用咖啡因治疗时，易发生胃食管反流 。过量咖啡因的口服致死量为3～50g，因服量过大而死亡者罕见，可能由于此药有催吐作用，多死于心血管性休克 。1例几乎全身都外敷软膏，其中含咖啡因30g，敷后6小时，血清咖啡因浓度为0.16mg/ml(一般口服300mg后血清浓度为O.005mg/m1)，表明吸收很快 。外敷3小时后，发现患者严重躁动伴过度换气、心动过速及血压升高 。2例静注咖啡因分别为400及3200mg，发生抽搐及死亡 。1例服3.75g后发生横纹肌溶解症伴急性肾衰 。
停药反应 习惯性应用咖啡因者，突然停用，可发生烦躁不安、激动及头痛等症状 。
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