微生物群落多样性测序与功能分析( 八 ) _rDNA测序起首需要提取情况样品

冗余阐发可以基于所有样品的OTU作图，也可以基于样品中优势物种作图；
箭头射线：箭头别离代表分歧的情况因子；
夹角：情况因子之间的夹角为锐角时暗示两个情况因子之间呈正相关关系，钝角时呈负相关关系。
情况因子的射线越长，申明该影响因子的影响水平越大；分歧颜色的点暗示分歧组此外样品或者统一组别分歧期间的样品，图中的拉丁文代表物种名称，可以将存眷的优势物种也纳入图中；情况因子数目要少于样本数目，同时在阐发时，需要供给情况因子的数据，好比 pH值，测定的温度值等。

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21组间菌群比力拔取物种标记物
（属程度）组间物种差别性箱形图：
组间物种差别性盒形图描述在分歧分组之间具有差别显著的某一物种做盒形图，图中以属程度为例做物种差别性盒形图。
图中分歧颜色代表分歧的分组，更直不雅显示组间物种差别。每一个盒形图代表一个物种，图上方是物种名。

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22组间菌群比力拔取物种标记物
Anosim查验
Anosim阐发是一种非参数查验，用来查验组间的差别是否显著大于组内差别，从而判定分组是否有意义。（做组间差别比力阐发，分组内部至少要3个样本；若样本数不敷或组间差别不较着则不生当作该图）
R-value介于（-1 ， 1）之间， R-value大于0 ，申明组间差别显著。 R-value小于0,申明组内差别大于组间差别，统计阐发的可托度用 P-value 暗示， P< 0.05 暗示统计具有显著性。对Anosim的阐发成果，基于两两样本之间的距离值排序获得的秩（组间的为between ，组内的为within），这样任一两两组的比力可以获得三个分类的数据，并进行箱线图的展示（若两个箱的凹槽互不重叠，则表白它们的中位数有显著差别）

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23组间菌群比力拔取物种标记物
随机丛林分类树属分类结果
随机丛林是机械进修算法的一种，它可以被看作是一个包含多个决议计划树的分类器。其输出的分类成果是由每棵决议计划树“投票”的成果。因为每棵树在构建过程中都采用了随机变量和随机抽样的方式，是以随机丛林的分类成果具有较高的精确度，而且不需要“减枝”来削减过拟合现象。随机丛林可以有用的对分组样品进行分类和展望。
物种主要性点图。横坐标为主要性程度，纵坐标为按照主要性排序后的物种名称。上图反映了分类器中对分类结果起本家儿要感化的菌属，按感化从大到小摆列。
Error rate: 暗示利用下方的特征进行随机丛林方式展望分类的错误率，越高暗示基于菌属特征分类精确度不高，可能分组之间菌属特征不较着。图中以所有程度为例，取前60个作图。

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24组间菌群比力拔取物种标记物
ROC曲线图
ROC 曲线指受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve), 是反映敏感性和特异性持续变量的综合指标，经由过程构图法揭示敏感性和特异性的彼此关系。 ROC 曲线将持续变量设定出多个分歧的临界值，从而计较出一系列敏感性和特异性，再以敏感性为纵坐标、（1-特异性）为横坐标绘制当作曲线，曲线下面积越大，诊断精确性越高。