微生物群落多样性测序与功能分析( 九 ) _rDNA测序起首需要提取情况样品

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25组间菌群比力拔取物种标记物
（属程度）样本-物种品貌联系关系circos弦装图
样本与物种的共线性关系 circus 图是一种描述样本与物种之间对应关系的可视化圈图，该图不仅反映了每个样本的优势物种构成比例，同时也反映了各优势物种在分歧样本之间的分布比例。
样本与物种的共线性关系图，左半边暗示样本属物种品貌环境。右半边暗示属程度在分歧样本中的分布比例环境。在最内一圈：左边分歧颜色代表分歧物种，宽度暗示物种品貌，圈外数值暗示物种品貌刻度值。一端毗连右边的样本，分歧颜色代表分歧样本，条带端点宽度暗示该样本中对应物种的比例分布。最外两圈：左边分歧颜色暗示分歧样本在某一物种的比例，右边分歧颜色暗示分歧物种在某一样本中的比例。

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26组间菌群比力拔取物种标记物
Ternary三元相图
三元相图是重心图的一种，它有三个变量，在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。这里暗示三组样本之间优势物种的差别，经由过程三元图可以展示出分歧物种在分组中的比重关系。
三角别离代表三个或三组样本，图中的圆别离代表排名最高哦的属程度的物种，三种颜色别离代表三组分歧分组的优势物种，圆圈大小代表物种的相对品貌，圆圈理哪个极点接近，暗示此物种在这个分组中的含量较高。该阐发仅限三个样本或三组样本之间阐发比力。

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27组间菌群比力拔取物种标记物
相关系数图
经由过程 R 软件的 corrplot 包绘制spearman 相关性热图，并经由过程该热图可以发现优势物种/样本之间主要的模式与关系。
蓝色系的为正相关，红色系的为负相关， ×暗示查验程度下无意义。越接近颜色条两端，相关系数越大。所以说，我们可以经由过程实心圆的颜色和大小判定相关的偏向和相关系数的大小。

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28组间菌群比力拔取物种标记物
GraPhlan 图
物种进化树的样本群落分布图 GraPhlan 图是将分歧样本的群落布局及分布以物种分类树的形式在一个环图中展示。
利用 GraPhlan 连系 OTU Table对一个分组所有样本的 OTU 物种注释成果进行总体展示，便于看出优势菌种。
其目标是将物种之间的进化关系以及分歧样本的物种分布品貌和最高分布样本的信息在一个视觉集中在换图中展示，供给的信息量较其他图更丰硕。
图中中心为物种进化分类树，分歧颜色的分支代表分歧的纲（具体的代表颜色见右上角的图例），之后外圈的灰色标示字母的环暗示的是本次研究中比例最高的 15 个科（字母代表的科拜见左上角的图例）。之后的外圈供给的是热力求，若是样本数 <=10 个则绘制样本，若是样本数跨越 10 个则按照分组绘制，每一环为一个样本，按照其品貌绘制的热力求。最外圈为柱状图，绘制的是该属所占比例最高的样本的品貌和样本颜色（样本颜色见环最下方的样本名字的颜色）。此中热力求和柱状图取值均为原比例值 x10000后进行 log2 转换后的值。