微生物群落多样性测序与功能分析( 四 ) _rDNA测序起首需要提取情况样品

此中曲线的最高点也就是该样本的Shannon指数，指数越高表白样品的物种多样性越高。
Q: Shannon指数怎么算的？
A: Shannon指数公式：
此中， Sobs= 现实测量出的OTU数量；ni= 含有i 条序列的OTU数量；N = 所有的序列数。

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8Rank-Abundance曲线
用于同时诠释样品多样性的两个方面，即样品所含物种的丰硕水平和平均水平。
物种的丰硕水平由曲线在横轴上的长度来反映，曲线越宽，暗示物种的构成越丰硕；
物种构成的平均水平由曲线的外形来反映，曲线越平展，暗示物种构成的平均水平越高。
一般跨越20个样本图就会变得很是复杂并且不美不雅，所以一般20个样本以下会做该图，图片保留为成果目次中rank.pdf 。
横坐标代表物种排序的数目；纵坐标代表不雅测到的相对品貌。
样本曲线的延长终点的横坐标位置为该样本的物种数目，若是曲线越光滑下降表白样本的物种多样性越高，而曲线快速陡然下降表白样本中的优势菌群所占比例很高，多样性较低。

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9Alpha多样性（样本内多样性）
Alpha多样性是指一个特定区域或者生态系统内的多样性，常用的怀抱指标有Chao1 丰硕度估量量（Chao1 richness estimator）、喷鼻农 - 威纳多样性指数（Shannon-wiener diversity index）、辛普森多样性指数（Simpson diversity index）等。
计较菌群品貌：Chao、ace；
计较菌群多样性：Shannon、Simpson 。
Simpson指数值越大，申明群落多样性越高；Shannon指数越大，申明群落多样性越高。表中显示前10个样本，若是样本大于10个，详见成果目次中的alpha_div.txt 。
Q: 能不克不及诠释下每个指数（如chao1、shannon）？
A: Chao1：是用chao1 算法估量群落中含OTU 数量的指数， chao1 在生态学中常用来估量物种总数，由Chao (1984) 最早提出。 Chao1值越大代表物种总数越多。
Schao1=Sobs+n1(n1-1)/2(n2+1)
此中Schao1为估量的OTU数， Sobs为不雅测到的OTU数， n1为只有一条序列的OTU数量， n2为只有两条序列的OTU数量。
Shannon：用来估算样品中微生物的多样性指数之一。它与 Simpson 多样性指数均为常用的反映 alpha 多样性的指数。 Shannon值越大，申明群落多样性越高。
Ace：用来估量群落中含有OTU 数量的指数，由Chao 提出，是生态学中估量物种总数的常用指数之一，与Chao1 的算法分歧。
Simpson：用来估算样品中微生物的多样性指数之一，由Edward Hugh Simpson ( 1949) 提出，在生态学中常用来定量的描述一个区域的生物多样性。 Simpson 指数值越大，申明群落多样性越高。
辛普森多样性指数=随机取样的两个个别属于分歧种的概率
=1-随机取样的两个个别属于同种的概率

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10Alpha多样性指数差别箱形图
别离对 Alpha diversity 的各个指数进行秩和查验阐发（若两组样品比力则利用 R 中的wilcox.test 函数，若两组以上的样品比力则利用 R 中的 kruskal.test 函数），经由过程秩和查验筛选分歧前提下的显著差别的 Alpha Diversity指数。