臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种 。 市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐， 是在豆腐的基础上发酵而来， 而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐 。 前者的臭味来源于微生物（常采用霉菌或乳酸菌）发酵蛋白质， 产生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸） 。 非发酵臭豆腐的臭味来源于臭卤水 。
发酵臭豆腐， 因经发酵过程， 部分蛋白质被分解成更有利于消化吸收肽、氨基酸；另外发酵过程还会生成维生素B12 。 维生素B12多存在于动物性食品， 在植物性食品中含量甚微， 因此素食者常常缺乏， 但是发酵豆制品， 包括臭豆腐中维生素B12含量较丰富， 是素食者补充维生素B12的食物来源之一 。
街头上的非发酵臭豆腐自然没有维生素B12的优势， 而且经过油炸， 能量比普通豆腐高很多， 偶尔品之无妨， 在三餐基础上每天都吃， 则易造成能量过剩；而且高温油炸会损失部分营养素 。
臭豆腐特别是发酵臭豆腐， 如腐乳含盐量较高， 不宜多吃 。 中国居民膳食指南建议每人每天吃盐不要超过6g， 而最近营养调查发现， 我们每天盐的摄入量平均为12g 。 因此对于高盐的腐乳， 一定要限量 。
发酵不仅会使蛋白质更有利于消化吸收， 同时还会产生部分对人体有害的腐败产物， 例如发性盐基氮， 有研究显示， 青方腐乳中的发性盐基氮平均含量比正常食品高出几百倍 。
【臭豆腐为什么那么臭？】街头油炸臭豆腐所采用的油质量也难以保证， 如是地沟油， 又是反复油炸， 其中反式脂肪酸、3, 4—苯并芘等致癌物会增加人体患心脑血管疾病和癌症的风险 。
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