1986年，罗斯朱迪·塔明（Rusjdi Tamin）和堀田充（Mitsuru Hotta）将疑惑猪笼草和无刺猪笼草（N.inermis）的特征都放于了邦苏猪笼草（N.Bongso）的描述中 。但实际上，邦苏猪笼草（N.Bongso）与疑惑猪笼草和无刺猪笼草（N.inermis）在捕虫笼的形态上有着巨大的差别，并不容易将其混淆 。
1997年，马修·杰布（Matthew Jebb）和马丁·奇克（Martin Cheek）在他们的专著中提到了，来自塔蓝山（Mount Talang）编号为“Kurata s.n.SING”和来自帕亚孔布市（Payakumbuh）附近的天普山区编号为“Meijer 6949 L”的标本 。实际上后者是细猪笼草（N.tenuis）的正模式标本（holotype），但杰布和奇克将其归入了疑惑猪笼草中 。
但之后的学者并不同意这个观点 。查尔斯·克拉克（Charles Clarke）在《苏门答腊岛和马来半岛的猪笼草（Nepenthes of Sumatra and Peninsular Malaysia）》（2001）中，因其捕虫笼的差异将细猪笼草（N.tenuis）恢复为一个独立的物种 。克拉克还指出与疑惑猪笼草很相似的编号为“Kurata s.n.”的标本为一种自然杂交种——梨形猪笼草（N.×pyriformis） 。它们的区别在于梨形猪笼草（N.×pyriformis）的笼盖较宽，展开的角度不会超过90°，且其捕虫笼的下半部左右笼壁不向内紧缩 。此外，梨形猪笼草（N.×pyriformis）的笼口倾斜 。
保护级别
由于疑惑猪笼草分布非常局限，因此它被列入了《2006年世界自然保护联盟濒危物种红色名录（2006 IUCN Red List of Threatened Species）》中，等级为极危（Critically Endangered） 。
由于疑惑猪笼草的上位笼仍具有唇，所以其外观没有无刺猪笼草这么受欢迎 。也正因为如此，疑惑猪笼草的野外分布才没有被受到过度采集的威胁 。
相关物种
疑惑猪笼草与苏门答腊岛的其他猪笼草之间存在着近缘关系，如杏黄猪笼草（N.flava）、无刺猪笼草（N.inermis）、贾桂琳猪笼草（N.jacquelineae）、马桶猪笼草（N.jamban）、塔蓝山猪笼草（N.talangensis）和细猪笼草（N.tenuis） 。这些猪笼草的共同特点在于，它们的上位笼都为漏斗形且其消化液黏度极大 。
疑惑猪笼草被认识是与无刺猪笼草（N.inermis）亲缘关系最近的 。但以它们叶片和捕虫笼的特征，依然很容易就可以区分开来 。疑惑猪笼草具有较宽的唇，笼盖下表面的腺体较多，且其展开的角度达到180° 。疑惑猪笼草笼盖的翻折角度是很有特点的，它的上位笼总是呈现出这样的角度，除非有障碍物阻止 。
在约阿希姆·那兹（Joachim Nerz）和安德烈亚斯·维斯图巴（Andreas Wistuba）在对细猪笼草（N.tenuis）的描述中，将同与之存在近缘关系的物种的形态特征进行了对比，其中包括了疑惑猪笼草 。
2001年，查尔斯·克拉克（Charles Clarke）对来自苏门答腊和马来半岛的猪笼草进行了70个形态特征的对比 。其中无刺猪笼草与第一进化分支有51%的相关性 。其中无刺猪笼草（N.inermis）与疑惑猪笼草的相关性达95% 。
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