茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记 , 利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288奈茶树(Camellia subebsus)ESTs序列进行EST-SSRs特征分析 。 剔除冗余序列 , 得到非冗余序列2083条 。 在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条 , 共486个EST-SSRs , 平均相隔2.10kb出现1个SSR 。 在2~6bp的重复基元中 , 二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(51.97%) , 其次是三核苷酸(19.55%) 。 对所有的重复基元类型进行统计分析发现 , 所占比例最高的是AG/CT(47.74%) , 其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%) 。 利用Prime5软件 , 设计了206对EST-SSRs引物 , 随机选用72对引物进行SSR扩增 , 发现31对引物可以扩增出条带 , 其中29对引物具有多态性 , 多态性比率为93.5% 。 这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究 。 【茶树EST-SSRs分布特征及引物开发】完成机构:[1]中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,杭州310008 [2]南京农业大学,南京210095

    推荐阅读