本次介绍不能直接利用pfam号找hmm模型的情况 。
需要这些哦
hmm ， jalview
电脑
方式/
1起首 ， 拿到所需要参考基因的卵白质序列 ， 然后将序列导入jalview ， 进行比对 ， 如图（刚把序列放进去的时辰 ， alignment可能是灰色的 ， 稍安勿躁 ， 软件可能需要反映一会儿） 。
文章插图
2然后成果出来之后 ， 选save as ， 将文本保留为如下模式
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3再随后将stk文件改为sto文件 ， 并将该文件拖入hmmer文件夹下 ， 即
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4然后我们打开号令提醒符 ， 输入以下 ， 即可获得hmm文件 ， 即建模 。
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5然后我们就可以比对啦~我们将hmm文件在要找的物种的卵白序列中进行比对 ， 如图
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6【利用HMM，jalview找基因家族】然后就可以获得所需要的序列咯
文章插图
注重事项jalview需要在java情况下运行~
以上内容就是利用HMM ， jalview找基因家族的内容啦 ， 希望对你有所帮助哦！
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