十二生肖里，鸡和蛇最亲近？ _小知识

在分类学上，鸡属于鸟纲鸡形目，是人类最早驯化的动物之一。
2004年12月9日，《Nature》发表了首个野生红原鸡全基因组测序图谱，此测序计划由中国科学院北京基因组研究所于军教授等人于1999年提出，后由全球50多个研究机构历时五年共同完成。该项研究成果填补了哺乳动物和基因组序列已知的其他物种之间的演化空白。
转眼又到了鸡年，作为一名计算进化基因组学的研究者，我想和大家一起聊聊那些关于鸡的进化和驯化的小故事。
在十二生肖里，鸡和蛇最亲近？
十二生肖包括鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪。鸡和犬是农村最常见的家禽家畜，往往连在一起使用，如鸡鸣狗盗、鸡犬相闻、鸡犬升天等。笔者根据TimeTree (http://www.timetree.org/)上的演化信息绘制了一张十二生肖的演化关系图，添加现代人作为类比。由于龙是中国传说中的吉祥物，并非远古的恐龙，所以图中没有生肖龙的位置。

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图：十二生肖进化史
大约在古生代石炭纪晚期（距今约3.1亿年，图中绿点标记处），人的祖先和鸡的祖先分开，沿着两个方向绿色箭头标记的方向进化。到了中生代末期，大部分中生代爬行动物灭绝，一部分适应环境变化的动物被保留下来，形成了现存的蜥形纲（如龟鳖目、麟龙亚纲、鳄目和鸟纲），另一部分形成了合弓纲（如盘龙目和兽孔目），盘龙目中的真盘龙亚目演化出哺乳纲。
随后，马、牛、羊、猪、狗、虎的祖先和鼠、兔、人、猴的祖先分开，分别沿着自己的轨道进化，最终形成了我们看到的形形色色的动物（每一个红点代表一次物种分化事件）。
蛇属于麟龙纲，鸡属于鸟纲，而其他九种动物属于哺乳纲，所以鸡和狗最多算是远亲,鸡和蛇才是近邻。
再从繁殖方式上来看，哺乳纲是胎生动物，而蜥形纲是卵生动物，卵生是一种非常古老的生殖方式，从恐龙时期就存在，综合进化学和胚胎发育学的观点来看，与其说“蛇鼠一窝” ，不如说“蛇鸡一窝”更恰当。
所以即便是生肖不同的朋友，也可以从生肖进化树上套近乎！
说到十二生肖的进化关系，那就顺便说说十二生肖在整个生物界的进化地位吧。
【十二生肖里，鸡和蛇最亲近？】在下图这棵进化树中，左边的枝桠是动物界的进化历程，右边的枝桠是植物界的进化历程，树根代表最原始最简单的单细胞生物,是万物的起源，越靠近树冠，生物越复杂，十二生肖属于生物界复杂动物。

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图：生物进化史
鸡的驯化就是一部血泪史

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图：模拟鸡和恐龙的复合体
在约1.5亿年前，鸟类从恐龙中进化出来。始祖鸟一直被认为是鸟类祖先，但中科院古脊椎动物与古人类研究所研究员徐星等人用最新的系统发育学分析发现，始祖鸟应属于早期恐爪龙类，而不属于鸟类，它不再被认为是最早的鸟类， 150年的“鸟类始祖”的光环终于被摘下了。
原鸡在约800~900万年前出现，它们由鸡形目鸟类进化而来。原鸡分为几种，包括红原鸡、灰原鸡、绿原鸡和锡兰原鸡等。 2004年被测序的那只鸡就是野生红原鸡，编号“RJF256” ，人送外号红面温血鹰抓手。现代家鸡往往被认为起源于红原鸡，不过最新的研究结果表明家养鸡是由灰原鸡与红原鸡杂交得来的，家鸡和原鸡还能正常交配产生可育后代。原鸡原产于东南亚的热带雨林中，我国最早的甲骨文中就有“鸡”字，笔者家乡湖北省京山县屈家岭文化遗址曾出土过距今约四千年的陶鸡；在比屈家岭文化略晚的龙山文化中也出土过家鸡骨骼，悠久的驯化历史使鸡成为数量最广且最有价值的家禽之一。我国鸡有56种74亚种。浙江萧山九斤黄鸡、江苏南通狼山鸡、上海浦东鸡、山东寿光鸡、辽宁庄河鸡、湖南桃源鸡、广东竹丝鸡都很著名。