边境牧羊犬通常被认为是黑白相间的狗，但真相并非如此 。 边境牧羊犬的毛色可以有多种颜色，有些是兰色斑点，有些有三种颜色 。 黑白相间的毛色是最具代表性的，但一条黑白相间毛色的边境牧羊犬可能携带隐性的各种颜色的基因 。 记住这一点是很重要的，当有些颜色是不平常甚至是稀缺的时候，饲养员“设定”狗的毛色并不是一种娱乐 。 性格，健康状况，品种特征都是饲养员应该注意的特征 。 有时候会有不同的颜色偶然出现，或者经由饲养员计划出现 。
边境牧羊犬的毛色是如何遗传的?
动物(犬科动物或其它动物)从它们的父母处遗传大量特征 。 这些遗传由基因控制 。 后代从它们的父母中同等地获得遗传基因 。 每条狗的每个由基因控制的属性特征携带两个基因，一个来自于父亲，一个来自于母亲 。 同理，父亲和母亲也同样在它们的每个属性特征中携带来自祖父母的两个遗传基因 。 虽然狗的每个属性特征含有两个基因，但仅有一个遗传自父亲，也仅有一个遗传自母亲，这就是为什么我们能获得多样性的原因 。
每个基因有一个显性因子和一个隐性因子 。 举例而言，一条狗从它的父亲处遗传纯黑毛色的基因，从它的母亲处遗传纯红色的基因 。 因为纯黑色基因是显性的，纯红色的基因是隐性的， 纯黑色基因会遮盖住纯红色基因，因而狗会是纯黑的毛色 。 但这条狗繁衍后代时，每只小狗将只获得其中一个基因--- 有些可能遗传纯黑色的基因，有些可能遗传隐性的纯红色的基因 。 基因控制各种品性特征，比如毛色，耳朵姿态，毛的长度，眼睛的颜色，等等 。 四个小狗可能会互相很不相同，有的可能有尖耳朵，有的是短耳朵，有的是长毛，有的是平滑的毛发 。 最具吸引人的则是边境牧羊犬的毛色 。 有的幼崽可能是黑白相间的，有的可能是红灰和黑斑点的，有的可能是蓝色和浅黄色的 。 毛色并非由一个基因决定，而是由几个基因决定，每个基因有一个显性因子和一个隐性因子 。 下面的表格显示了决定边境牧羊犬毛色的四种基因，并且定义了每个基因的显性和隐性因子 。 基因 显性 隐性
基因1 纯黑 纯红 基因2 非浅黄 浅黄 基因3 不变浅 变浅 基因4 蓝灰或红灰带黑斑点 非‘蓝灰或红灰带黑斑点’ 。 因此，决定纯色的基因有一个黑色的显性因子和一个红色的隐性因子 。 决定是不是有斑点的基因有一个显示斑点的显性基因和一个不显示斑点的隐性基因 。
举例说明纯色基因的遗传，比如一条携带两个黑色基因的纯毛公狗与一条携带黑色和红色两个基因的母狗交配的情况 。 公狗和母狗均显示黑白毛色，因为母狗的红色隐性基因被她的显性黑色基因掩盖了 。 四个后代都遗传了两个纯色的基因，一个来自父亲一个来自母亲，但是来自父亲或母亲的哪一个基因则是自由选择的 。 基因遗传的比例显示如下 。 每条小狗都从父亲那遗传黑色基因，因为它们的父亲只有黑色基因 。 它们从母亲那遗传要么黑色基因要么红色基因，都是百分之五十的机率 。 所有的后代都显示黑白毛色，因为黑色显性基因掩盖了红色的隐性基因 。 不可能分辨出哪个后代携带了红色隐性基因，因此都象它们的父母一样显示的是黑白毛色 。
如果一条狗携带两个黑色基因与另一条携带两个红色基因的狗交配，它们的后代也将显示黑白色，因为它们都从父亲那遗传了黑色基因(父亲只有两个黑色基因可以提供) 。 然后，所有的后代都将携带一个隐性基因(红色基因)遗传自母亲(母亲只有红色基因可以提供) 。 从表面上看不出这些后代是否携带红色基因，但如果知道它们的母亲是红色的，则他们一定携带一个隐性红色基因 。
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