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不同基因控制不同的性状
猫的毛发、皮肤和眼睛的颜色来自于黑色素 。 黑色素微粒在毛干处沉淀 ， 而它们的形状、大小和排列方式影响了皮毛的颜色 。 黑色素有两种不同的类型：真黑素和棕黑素 。 一般认为 ， 真黑素呈球状 ， 吸收几乎所有光线因而呈黑色；棕黑素形状略长 ， 呈橄榄球状 ， 会反射出红-橙-黄范围的光 。
大部分猫的皮毛颜色几乎不受环境的影响 。 但是 ， 也有一种十分有趣的例外情况：白化位点的暹罗等位基因(cs)会造成色素的表达对温度敏感 。 暹罗基因编码出一种对温度敏感的酪氨酸酶 ， 这种酶会在猫咪核心体温处失活 ， 从而使猫咪身体呈现浅棕色的底色 。 但是 ， 在温度相对低得多的肢体末端 ， 这种酶是有活性的 ， 它会合成正常剂量的色素 ， 也使暹罗猫从而有了独特的深色“尖端” 。 实际上 ， 在温暖地方居住的“室内”暹罗猫往往会比它们的“室外”同胞们颜色更浅 ， 而后者在寒冷的冬天会变得毛发颜色相当深 。 cb等位基因也是温度敏感型的 ， 但是效果比cs要弱 ， 所以表达出的皮毛颜色也更深 。
对于上文提到的那只叫维纳斯的猫 ， 有一种理论认为 ， 在猫脸一侧的所有细胞中表达黑色素的基因被激活 ， 而另一侧则表达的是橙色 。 随着小猫的不断发育 ， 这两块毛色不同的区域在她身体的中线处汇合 。 于是就形成了两半颜色不同的脸 ， 但是有人还发现 ， 这只小猫有一颗独特的蓝色眼睛 。 猫眼通常呈现绿色或黄色 ， 而没有蓝色 。 针对这一问题 ， 目前遗传学家们也无能为力 ， 但相信随着科学技术的发展 ， 猫咪更多的遗传特性将被揭示 ， 那时候 ， 再来解答这些问题就不会这么困难了 。
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