生物信息学常用的软件有哪些?


生物信息学常用的软件有哪些?

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NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较(BLASTN) 蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较(BLASTP) 两序列比对(Align two sequences)DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)分析实验序列外显子部分——GENSCAN(http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0 (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php) 注: Custom digest -- view gel限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)设计引物扩增实验序列——Genefisher Primer 3蛋白质序列分析及结构预测: 1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy(Compute pI/Mw) 2.分析蛋白质的基本物理化学性质:ExPASy(ProtParam) 3.分析蛋白质的亲水性和疏水性:ExPASy(ProtScale) 4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物:ExPASy(PeptideMass) [* :kinase K] 5.分析蛋白质的信号肽:ExPASy(SignalP) 6.预测蛋白质的二级结构:ExPASy(Jpred 3)多物种分子系统发育分析:EMBL(www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W人脂联素蛋白质序列:NP_004788人类胰岛素生长因子IB前体:P05019
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