再加上本国地位不高，日本学生包括一些日本老师，皆以取笑中国留学生为乐，可藤野先生却不这样 。
1906年，这对师生快要离别的时候，藤野先生送给鲁迅一张自己的相片，并在这张相片背后题字“惜别” 。鲁迅当时没有合适的相片，只能推脱说返回中国后，再给藤野先生寄来合适的相片 。
1909年，鲁迅归国，家中长辈无故给他安排了个“朱大姐”当做媳妇 。后来，鲁迅又与弟弟周作人发生间隙，莫名其妙地背上了一个“偷看弟媳洗澡”的污名 。
一来二去，鲁迅多次提笔想写封信寄给藤野先生，却无从开口 。生活上的困顿，事业上的不如意，让鲁迅心灰意冷，很难再面对如此关照自己的藤野先生 。
1918年，鲁迅发表小说《狂人日记》 。这一刻的鲁迅早已投身文坛，当医生只能救得了外在病痛，用手中的笔，却能引领全体中国人走向光明 。
1926年，鲁迅发表散文《藤野先生》，后将其收录于《朝花夕拾》 。
大约是1931年前后，有日本朋友写信询问鲁迅：“藤野严九郎是否是藤野先生真名？”
鲁迅当即回信：“《藤野先生》一文当中，所有信息完全属实，他也很希望这位日本朋友能打听到藤野先生的近况 。”
1934年，日本出版商岩波书店的老板来到上海拜访鲁迅 。鲁迅当时行动不便，精神也有些萎靡 。
当听到自己的文章要在日本出版时，鲁迅咬牙打起精神，对岩波书店的老板这样说道：“我所有的文章，皆可供你任意挑选出版 。只是有一篇《藤野先生》，一定要包含在此次出版发售的刊物内，我希望借这个机会找到藤野先生 。”
1935年，《鲁迅文集》在日本出版 。增田涉（鲁迅的日本学生）、佐藤春夫（日本诗人，与鲁迅是好友）多次帮鲁迅打听藤野先生的下落，但均没有得到任何消息 。
1936年10月，55岁的鲁迅在上海病逝 。临终之前，床头还摆着那张藤野先生的照片，嘴里还在念叨：“藤野先生大概已经不在世了吧” 。
1936年12月底，小林茂雄（鲁迅的日本同学）谨遵鲁迅遗愿，找到了藤野先生，后得到藤野先生离开仙台医专之后的详细信息 。
1907年，鲁迅归国之后，藤野先生继续留在仙台医专担任教授 。由于口音较重，且思想迂腐，为人不够圆滑，藤野先生多次失去公干留学欧洲的好机会 。
1915年，仙台医专并入东北帝国大学医科大学，已年满40岁的藤野先生没有过硬的留学经历，于当年6月底被迫提出“请求免职” 。
原先仙台医专共计16名教职工中，仅有4名教授正式被编入医科大学，2名教授被降职为副教授后编入，包括藤野先生在内的另外10名教职工，则失去了工作 。
1915年8月9日，藤野先生被正式解除讲师职务 。生活虽然不如意，但还是要过下去，被赶出学校的藤野先生，来到东京进修临床外科，为生活谋出路 。
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