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（一）“人种更替说”：认为在日本列岛曾发生一次乃至两次人种更替 。如在19世纪80年代 ， 解削学家小金井良精认为 ， 在绳纹时代生活于日本列岛的原住民是阿伊努入 ， 绳纹时代后他们被大陆来的其他人种驱赶往北方 。
（二）“混血说”：认为“原日本人”（旧石器时代的日本人）在绳纹时代之后 ， 与大陆或南洋诸岛移居来的其他人种混血 ， 逐渐形成现代日本人 。医学家清野谦次首先提出“混血说” ， 直至20世纪30年代 ， 仍为学界主流 。
【日本的由来】（三）“演变说”（或称“连续说”）：认为绳纹时代的日本人由于生活方式的变化 ， 其体质逐渐演变 ， 成为弥生时代人、古坟时代人乃至现代日本人 。它更为重视人种的继承性 ， 既不赞同“人种更替说” ， 也不大重视混血对日本民族构成的影响 。二战后 ， 东京大学人类学研究室的长谷部言人和铃木尚教授持此说 ， 至今对学界仍有影响 。
