明代，亳州牡丹虽有盛名，但曹州（今山东菏泽），国都北京牡丹栽培也逐渐繁盛起来 。江南太湖周围，西北的兰州、临夏也有所发展 。
曹州与亳州皆于明代嘉靖（1522～1567）年间引入牡丹，也同于万历（1573-1620）年间达到繁盛 。两地之间相互交换品种，“曹花多移自亳”（清?余鹏年《曹州牡丹谱》）；亳州也引进入不少曹州名品，如《亳州牡丹史》中记载一种“金玉交辉”的品种，说是：“曹州所出，为第一品 。”又有“忍济红”“萍实红”两种，也产于曹州 。《曹南牡丹谱》亦云：“至明曹南牡丹甲于海内 。”
北京自辽、金建都于此，牡丹栽培日渐兴盛 。明代的《北京考》上记载辽圣宗（公元982-1031）在统和12年（995年）三月去长春宫观赏牡丹 。在明代，牡丹栽培极盛，“金殿内外尽植牡丹” 。城外还有三大名园梁家园、清华园和惠安园 。
在江南，明代以江阴牡丹为盛 。此外杭州、苏州、上海也有不少种植 。广西灌阳也产牡丹，据明代《广西通志》记载，在广西“牡丹出灵川、灌阳，灌阳牡丹有高一丈者，其地名小洛阳 。”
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紫斑牡丹
清代（公元1644-1911年），曹州牡丹的栽培就更盛 。《曹县志》云：“牡丹非土产也，初盛于雒下（今陕西省雒南县），再盛于亳州，彼时已六、七百种，分五色排列，叙至于今，亳州寂寥，而盛事悉归曹州 。”“曹州园户种花如种黍粟，动以顷计，盖连畦接畛也 。”（《曹州牡丹谱》） 。蒲松龄在他写的《聊斋志异》一书中，也曾有“曹州牡丹甲齐鲁”的记述 。这时，曹州城东北各村栽培牡丹已很普遍 。有以养花为业者，成园成圃者很多，其中尤以王李庄、洪庙、毛庄、赵楼各村为冠 。道光年间赵玉田在村北建花园，专养牡丹、芍药，集本村之大成，园之周围树之以桑为篱，名曰“桑篱园” 。著有《桑篱园牡丹谱》，其中记述了151种，内称：“山左十郡二州，语牡丹则曹州独也 。曹州十邑一州，语牡丹则菏泽独也 。”“菏泽为郡为里者，不知其几，语牡丹之出，惟有城北之一隅，鲁山之阳，范堤之外，连延褒不能十里 。”其后，有《绮园牡丹谱》，核其名者百四十有奇 。当时栽培面积已达500多亩，每年输出十余万株，运往广州|、天津、北京、汉口、西安、济南等地出售 。其中运往广州者为最多 。当地农民流传着这样一句民谚：“种果树莫若木瓜、柿子，养花木还是牡丹、芍药 。”再加上社会上的爱好，菏泽人善于种花，以及牡丹根皮可供药用，所以菏泽牡丹长期发展历久不衰 。
在清代，甘肃大部分地区也有牡丹栽培 。而以兰州、临夏、临洮一带为栽培中心地 。清末编纂的《甘肃新通志》曾有牡丹在甘肃“各州府都有，惟兰州较盛，五色具备”的记载 。延安万花山，位于杜甫川内花源头村对面，这里盛产牡丹 。清?嘉靖修《延安府志》中记有“花源头产牡丹极多，樵者以之为薪 。”附近群众有在农历四月初八到此赏花的习俗，已有一千多年的历史 。
江南牡丹中有宁国牡丹和铜陵牡丹 。据1936年编《宁国县志》载，“宁国、蟠龙素产牡丹，以白、黄为贵，…… 。”关于铜陵牡丹，据《铜陵县志》载：“仙牡丹长山石窦中，有白牡丹一株，……素艳绝丽 。相传为葛洪所种 。”葛洪为晋代人，按此传说，以有1600年的历史 。
新中国成立后，中国牡丹得到恢复和发展 。目前，菏泽牡丹栽培面积已达5万余亩，600多个品种，已成为世界上面积最大、品种最多的中国牡丹栽培、观赏、科研中心，堪称世界之最 。
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