藿香常见的病害有根腐病、枯萎病、角斑病、褐斑病、斑枯病等；主要虫害有红蜘蛛、银纹叶蛾、卷叶螟、地老虎、蝼蛄等
根腐病
根腐病多发生于夏季多雨季节，病株从藿香的根部和根状茎处发生腐烂，并逐渐蔓延至地上部分，先使根部或根茎部皮层变为褐色，最后导致植株枯萎而死亡 。
防治方法：拔除病株并集中烧毁，再在病穴上撒入石灰消毒，或采用50%甲基托布津800倍液、50%多菌灵500倍液浇灌病穴 。一般情况下，需要连续浇灌病穴两次，间隔期为5天 。
枯萎病
枯萎病一般发生在6月中旬至7月上旬，发病初始时，藿香病株叶片及叶梢部下垂，呈青枯状，最后造成根部腐烂并全株枯死 。
防治方法：在发病初期，应拔除病株，并采用40%多菌灵胶悬液500倍液、50%多菌灵500倍液或50%甲基托布津800倍液浇灌病穴及邻近植株根部，用以防止病害蔓延 。
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角斑病
角斑病主要危害藿香叶片，一般发生于雨季，发病初始，叶片呈水浸状病斑，以后逐渐扩大为多角形褐色病斑，严重时可导致藿香叶片干枯并脱落，最后造成藿香减产 。
防治方法：可采用农用链霉素、春雷霉素、中生菌素、金核霉素、盐酸土霉素、放线菌酮等进行喷雾防治，具体用量应参照农药说明书 。
褐斑病
褐斑病属于真菌性病害，主要危害藿香叶片 。
防治方法：摘除病叶并烧毁 。可采用58%甲霜灵锰锌500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液进行喷雾防治 。一般需要防治3次，间隔期为5天 。
斑枯病
斑枯病可导致藿香叶色变黄，严重时可导致叶片枯死 。
防治方法：发病初起时，采用50%瑞毒霉1000倍液进行喷洒防治，一般需要连续防治2~3次 。间隔期为7天 。
蚜虫
蚜虫为害藿香的嫩梢和嫩叶，常常导致藿香植株生长不良，而且，还可导致藿香不能正常长出新芽和新叶 。
防治方法：可采用40%乐果乳油1500倍液、10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂2000倍液进行喷洒防治 。一般需要防治多次 。
红蜘蛛
红蜘蛛多发生于6-8月份的高温季节 。主要为害藿香的叶片，常常导致藿香叶片发黄脱落 。
防治方法：可采用40%速克朗或1.8%阿维菌素3000倍液或虫螨立克1500倍液进行喷洒防治 。一般需要防治3次 。间隔期为7天 。
银纹叶蛾
银纹叶蛾取食藿香的叶肉，常常造成藿香叶片出现孔洞或缺刻 。
防治方法：可采用25%杀虫脒水剂300-50倍液或90%晶体敌百虫1000倍液进行喷雾防治 。一般需要防治2次 。间隔期为5天 。
卷叶螟
卷叶螟为害藿香叶片 。
防治方法：可采用敌百虫300-400倍液进行喷洒防治 。一般需要防治2次 。间隔期为7天 。
地老虎及蝼蛄
地老虎和蝼蛄主要为害藿香的根部 。
防治方法：可采用50%辛硫磷1000倍液或90%晶体敌百虫做成毒饵进行诱杀 。
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