咸潮还会造成地下水和土壤内的盐度升高，给“鱼米之乡”的珠三角农业生产造成严重影响，危害到当地的植物生存 。从广州市番禹区农村看到的情况令人触目惊心 。在番禹石楼镇的一些稻田边，尽管水沟里蓄有一些水，然而田地却龟裂着 。该镇因为咸潮，沟里的水咸度已达0.5％，而如果农作物“饮用”咸度超过0.4％的水，半个月后就会停止生长，甚至死掉 。
水质性缺水对当地农业的影响是明显的 。据统计部门统计数据显示：广州市番禹区2004年全区早稻面积计划完成6.5万亩，同比减少2.1万亩，近1／3的稻田无法下插；甘蔗面积5.2万亩，同比减少0.1万亩；常年蔬菜面积11万亩，同比减少1.8万亩 。
咸潮防治
1．建立预警机制
加强对咸潮形成机理的研究，运用先进的超声波流速剖面仪等设备和技术，对咸潮实施同步的严密监测，并建立预警机制，建立协调机构，在咸潮到来之前做好防范 。如2004年9月中旬和10月上旬珠江口出现历史罕见提前来临的咸潮，先后袭击了珠海、中山之后，广东省水利、三防、水文部门就提前介入了咸潮的预测、预报、预警 。这样，对罕见的咸潮入侵就应对自如、有条不紊一、秩序井然 。
2．采取调水以淡压咸
由于咸潮活动主要受潮汐活动和上游来水控制 。潮汐活动可调节的余地有限，而上游径流的调节则是大有可为的 。进入21世纪，抵御咸潮迫切要求水利枢纽的运作 。调水以淡压咸是目前比较有效的应急办法 。专家介绍说，珠江水系中西江大部分水电站的调节库容较小、能力有限，且比较分散，因此，应急调水压咸调度应以西江干流天牛桥一级、岩滩水库为主，鉴于北江飞来峡距离珠江三角洲较近、流程约1～2天，也应当优先考虑其调水压咸作用，通过调水以淡压咸可以允分发挥大珠江流域水资源的综合效益 。
3．加强河道采砂管理
鉴于目前珠江三角洲河段过量滥采河砂造成河床严重下切，引发咸潮上溯，有关部门应对珠江全流域加强采砂的管理，用立法手段严厉打击违法采砂行为 。
4．节约用水
据广东水利局统计，广东省年总用水量持续多年递增，年递增幅度约5％，居全国榜首；全省用水消耗量（即浪费量）为167.49亿立方米，浪费率之大占总用水量的37.5％，此项指标同样高居全国榜首，其中农业是首当其冲的浪费大户，占总消耗量的7成以上；全省人均综合用水量达到584立方米，此项指标高于全国平均值 。珠江流域其他省份也与广东省一样用水浪费严重 。用水的严重浪费导致河流水位下降，加重咸潮的危害 。所以，应提倡人们节约用水，提高水的利用效率，以减轻威潮的危害 。
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