这是一篇与原作RPG主角一样从真新镇出发的少年小智 ， 和他的神奇宝贝与皮卡丘 ， 刻画友情与成长的故事 。沿袭原作故事节奏展开第一集的冒险故事 。
设定中自然有登场人物与反派角色等 ， 就因为初期这种独特的表达方式 ， 将游戏中的世界观毫不保留的完整呈现在动画中 。这可以说是担任系列构成的首藤刚志先生最擅长的方式 。首藤也构想出火箭队登场时“既然你诚心诚意的发问了──”的台词 。
创造了跟随小智一起旅行的道馆训练家好友小刚与小霞 ， 也创造出了“老梗新用”的反派角色 ， 敌对组织火箭队的队员武藏与小次郎 ， 更赋予他们有一只能够说人话的罕见神奇宝贝喵喵 。
假如小智没有选择皮卡丘作为最初的神奇宝贝 ， 反而选择最初3只的其中之一的话 ， 或许会让人大失所望 。不仅游戏受欢迎 ， 再加上最初的神奇宝贝使用光的三原色 ， 但是如果没有皮卡丘可以选择也一定会逊色许多 。
主角小智与大木博士的孙子、小智的对手──小茂的命名 ， 是源自原作RPG《神奇宝贝
【求神奇宝贝第一部剧情！！】红·绿》提供的名字之一 ， 是以该游戏开发者田尻智及任天堂董事宫本茂的名字作为基础 。小智得到皮卡丘后以宝可梦大师为目标 ， 踏上训练员之路 。
在旅程的开端 ， 有个小智与皮卡丘的动人故事：
由于小智的皮卡丘不肯服从小智 ， 小智惟有靠自己捉神奇宝贝 ， 连续捉2只失败 ， 就在小智以掷石作攻击命中目标时 ， 惊觉那不是波波 ， 而是烈雀 。小智及皮卡丘遭受袭击 ， 慌忙逃走 。
其间一个女子在钓鱼期间拯救了他们 ， 小智按她的指示 ， 向常槃市冲去 ， 但被烈雀群追上 ， 此时皮卡丘已受重伤 ， 为了救它 ， 小智不惜牺牲自己 ， 抵挡烈雀群 。皮卡丘眼见小智舍身相救 ， 终于明白小智对它的爱护及好意 ， 就在烈雀群即将击中小智的千钧一发之际 ， 它冲到小智面前 ， 并使出强烈的“电击”绝招!
终于成功把烈雀群赶走了 ， 小智和皮卡丘亦终于成为好友 。
此时小智及皮卡丘遇见了一只神秘的神奇宝贝(大木博士也不敢相信小智遇上它) ， 是后来小智估计的凤王(由于当时金银版还未推出 ， 其名字最初是透过漫画版的资料公布的) 。之后小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞结伴同行 ， 其后认识小刚 ， 尼比市道馆赛后小刚加入成为新的同伴 。
小智在石英联盟由初赛出线至淘汰赛 ， 于16强止步 。回到真新镇后 ， 小智为了替大木博士拿GS球而前往橘子群岛 ， 在一时兴起下决定挑战橘子联盟 ， 到最后夺得胜利者杯 。
在从橘子群岛回来后 ， 与一直以来视为劲敌的小茂首度交锋 ， 双方派出自己最自豪的神奇宝贝 ， 皮卡丘对抗伊布 ， 一番苦战后小智战败 ， 对小茂誓言下次绝不会再输 ， 也决定要挑战城都联盟 ， 往城都地方出发 。
而在城都联盟白银大会决胜锦标赛的第一回战中再度与小茂对碰 ， 6对6的全面对战 ， 双方都以最强的阵容来应战 ， 最后一战 ， 小智的喷火龙战胜小茂最强的水箭龟 ， 小智晋级 。但是到了第二回战与来自丰缘地区的叶越交手时 ， 叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入危机 ， 小智和叶越激战后派出最后仅余仍能作战的神奇宝贝-喷火龙和火焰鸡作最终对决 ， 最后喷火龙失去战斗能力 ， 小智战败 ， 8强止步 。
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