主要包括病原诊断、血清学诊断、DNA扩增诊断和影像诊断 。（1） 生理盐水涂片法：对肠阿米巴病而言，粪检仍为最有效的手段 。这种方法用以检出活动的滋养体 。一般在稀便或带有脓血的便中滋养体多见，伴粘集成团的红细胞和少量白细胞 。但虫体在受到尿液、水等作用后会迅速死亡，故应注意快速检测和保持25~30℃以上的温度和防止尿液等污染 。并要注意某些抗菌素、致泻药或收敛药、灌肠液等的应用均可影响虫体生存和活动，可影响检出率 。
对脓肿穿刺液等亦可行涂片检查，但应注意虫体多在脓肿壁上，故穿刺和检查时应予注意 。另外，镜下滋养体需与宿主组织细胞鉴别，主要有如下几点：À 溶组织内阿米巴滋养体大于宿主细胞；Á胞核与胞质比例低于宿主细胞；Â滋养体为泡状核，核仁居中，核周染色质粒清晰；Ã滋养体胞质中可含红细胞和组织碎片 。
（2） 碘液涂片法：对慢性腹泻患者以检查包囊为主，可作碘液染色，以显示包囊的胞核，同时进行鉴别诊断 。用甲醛乙醚法沉淀包囊可以提高检出率40%~50%，
另外，对于一些慢性患者，粪检应持续1周~3周，以确保无漏诊病人 。
（3） 体外培养：培养法比涂片法更敏感，常用Robinson’s培养基，对亚急性或慢性病例检出率比较高，但非一般实验室均可开展的，故为非常规方法，但对研究很有意义 。
在粪便检查中，溶组织内阿米巴必须与其他肠道原虫相区别，尤其是结肠内阿米巴（Entamoeba coli）和哈门氏内阿米巴（Entamoeba hartmani） 。哈门氏内阿米巴因其体积较小而易于区别，与结肠内阿米巴则有时比较困难，应考虑多种标准 。来自美国疾病控制中心的报告指出，白细胞比其他原虫更易与溶组织内阿米巴相混淆 。
目前有许多方法可用于鉴别溶组织内阿米巴和迪斯帕内阿米巴，主要包括同工酶分析、酶联免疫吸附试验和多聚酶链反应（PCR）分析 。以溶组织内阿米巴表面半乳糖/乙酰氨基半乳糖凝集素作为靶抗原，以单克隆抗体检测，其在血和粪便中的敏感性和特异性达88%和99% 。目前在欧美日已有检测试剂盒出售 。而PCR法则可直接从DNA水平鉴别两种阿米巴，其中以检测编码29/30kDa的多胱氨酸抗原的基因最为特异和可行 。也有人报告以直接粪便PCR法可以迅速鉴别两种阿米巴 。
WHO专门委员会建议，显微镜下检获含四核的包囊应鉴定为溶组织内阿米巴/迪斯帕内阿米巴；粪中检测含红细胞的滋养体应高度怀疑为溶组织内阿米巴感染；血清学检查结果，高滴度阳性应高度怀疑溶组织内阿米巴感染；阿米巴病仅由溶组织内阿米巴引起 。这是近十年来发展很快而且十分有效、敏感、特异的方法 。主要提取脓液穿刺液或粪便培养物、活检的肠组织、皮肤溃疡分泌物、脓血便甚至成形便的DNA，而后以适当的引物，进行扩增反应 。对反应产物进行电泳分析，可以区别溶组织内阿米巴和其他阿米巴原虫 。引物种类很多，各有所长，但原则上是选择具有高丰度的基因，可以有良好的敏感性 。目前世界上公认具有良好特异性和敏感性的引物是根据溶组织内阿米巴编码29kDa/30kDa多半胱氨酸抗原的基因设计的 。
目前有许多实验室应用血清学和DNA分析或检测粪中抗原，进行阿米巴病流行病学调查 。肠阿米巴病应与细菌性痢疾相鉴别，后者起病急，发烧，全身状态不良，粪便中白细胞多见，抗菌素治疗有效，阿米巴滋养体阴性 。阿米巴性肝脓肿则应主要与细菌性肝脓肿相鉴别，后者患者往往在50岁以上，全身情况差，伴发热、疼痛，有胃肠道疾病既往史，阿米巴滋养体阴性 。同时阿米巴肝脓肿亦应与肝癌、肝炎或其他脓肿相鉴别 。
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