距离电视剧《X档案》改编的第一部电影，已经有十年的时间 。这次《X档案2》再次归来，探员穆德与史考莉仍是影片主角，并且两人关系也有了新的进展 。
【X档案：我要相信的剧情介绍】美国弗吉尼亚州发生多起怀孕妇女失踪案件，在当地警方与FBI调查后，最后被草草结案 。穆德与史考莉这对搭档得知这起案件后，立刻深入调查，并因此发现背后的恐怖真相……
在X档案大结局之后六年，前FBI特工黛娜·史考莉在一间天主教教会医院工作，她在治疗一位患脑部疾病晚期的男孩，该男孩的病是一种罕见的脑部疾病，病情随时间逐渐加重脑部损坏 。
同一时间，FBI特工德拉米找到了史考莉，希望通过她，能找到福克斯·穆德，并且声称如果没有找到已经躲藏起来的前X档案负责人，就要发出通缉令 。这次的案情是有关多起妇女失踪案件，其中包括FBI特工莫妮卡·班娜 。
两人到了华盛顿，特工科塔·惠妮想让穆德借助其在灵异现象方面的经验，并且配合上克斯曼神父提供的线索 。
惠妮和德拉米将克斯曼神父以及穆德带到了被绑架的探员班娜家中，克斯曼神父不顾他人对他的质疑，在雪地中跪下并且眼流鲜血 。
晚上，史考莉对穆德提起了FBI发现的被截肢的手臂留有一种只在动物身上使用的镇静剂 。这一次克斯曼神父也被重新找来参与破解第二次绑架案 。就在所有人员都已经精疲力尽，准备撤走时，克斯曼神父和穆德的坚持，使大家在大雪夜中重回岗位，最终发现一堆深埋在地下的人体四肢 。
通过调查警察找到了Dacyshyn，受雇于器官捐献机构，专门搜集人体器官 。也是当年的遭受克斯曼神父侵犯的小孩之一 。当FBI在搜查Dacyshyn所在的器官捐献机构的时候，被Dacyshyn察觉，并且逃跑，穆德和惠妮追踪他到了一个工地，在一阵寻找后，两人以为追捕失败 。岂知Dacyshyn藏在暗处，将惠妮推下高楼，致死 。
穆德后来追踪到一个小镇上的一个药店，追问是否有人购买镇静剂，谁知和疑犯正好错过 。下雪天，穆德驾车被后来追上的疑犯撞下悬崖 。大难不死的穆德爬上悬崖，看到了被抛弃的铲雪车，拿上一个随手工具当做武器，穆德找到了罪犯藏身的基地，是一个偏远的小屋，里面放满了人的肢体，并且还有被关押的特工，以及无数的狗 。Dacyshyn听到狗吠来到屋外查看，穆德趁机潜入，不幸被屋内的人所制服 。
此时 。史考莉无法找到穆德，手机无人接听，还好有老上司斯金纳帮忙，找到了手机位置，以及出事的车辆 。沿着公路往前开，直觉让史考莉下车，找到了克斯曼神父所说的带有《圣经》章节号码252的邮箱 。
一切恢复平静之后，在穆德的小屋中，史考莉给他带来了克斯曼神父去世的消息，当时穆德正在看报纸上有关克斯曼神父是同犯的报道 。穆德认为很气愤，他认为所有证据可以说明克斯曼神父不是共犯，而是一个真正拥有通灵功能的人 。史考莉也感到很惋惜，这倒是让穆德感到奇怪，和以前她对克斯曼神父的态度截然相反 。后来才知道原来神父对她所说的话确实应验 。
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