在东汉、三国和西晋时期，“贝加尔湖”是在鲜卑的控制范围之内，名亦曰“北海”；在东晋十六国时期，“贝加尔湖”改称为“于巳尼大水”；南北朝时期，“贝加尔湖”先被柔然控制，后又被突厥控制，名仍称为“于巳尼大水”；隋朝时期，“贝加尔湖”被东突厥控制，复改称“北海”；到了唐朝前期，“贝加尔湖”成为大唐帝国版图的一部分，归关内道骨利干属，“贝加尔湖”也改称为“小海”；后东突厥（史称后突厥）复国，“贝加尔湖”复归突厥，后又归回鹘所辖，仍称“小海”；宋朝，“贝加尔湖”被蒙古八剌（音là）忽部控制；13世纪，蒙古后裔布里亚特人也来到贝加尔湖地区 。无论是突厥人还是布里亚特人都没能改变埃文基人的生活方式 。蒙元时期，“贝加尔湖”又划入蒙古帝国版图，属“岭北行省”；明朝时期，“贝加尔湖”被瓦剌不里牙惕部控制 。
清圣祖康熙三十六年（1697年）和清高宗乾隆二十二年1757年，喀尔喀蒙古和准噶尔蒙古分别先后被清军控制或征服 。不过之前在清俄《尼布楚条约》中，属于布里亚特蒙古的贝加尔湖以东地区被康熙皇帝划归俄罗斯帝国，清世宗雍正帝在位期间划分清俄中段边界的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》签订后，标志着中原王朝最终与贝加尔湖彻底隔离 。1908年6月30日，在湖西北方800公里处发生了通古斯大爆炸，部分影响了湖附近的森林 。
1643年，叶尼塞哥萨克库尔巴特·伊万诺夫来到贝加尔湖地区时，布里亚特人已经是贝加尔湖地区的“主人”了 。库尔巴特绘制了贝加尔湖及注入河流的平面图，这是历史上对贝加尔湖的第一次直观描述 。不久后，大司祭阿瓦库姆在生活记录中也描述了贝加尔湖，1655年，他在流放途中经过了贝加尔湖的一些地方 。
1729年，彼得大帝派德国人达·梅塞施米特考察西伯利亚，他对贝加尔湖进行了第一次科学考察 。20世纪初，学者们绘制出了贝加尔湖的第一张全图，并测量了湖深 。1977年，苏联学者使用深水考察仪“派西斯”对贝加尔湖进行了考察，湖里的许多秘密在考察仪的探照灯下“曝光”了，此前一些被怀疑存在的东西也从黑暗的湖里“走”了出来，这件事当时轰动一时 。迄今为止，没有仪器能探测贝加尔湖湖底，湖的最深处不是1637米，最深处目前还无法探测 。
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