发酵腐熟肥料使用前经过堆沤发酵后 ， 微生物把有机动植物残体、粪便分解而成为植物能够吸收的成分；未腐熟肥料使用前未发酵 ， 如果直接施用 ， 发酵作用会在土壤中完成 。
氧气【腐熟和未腐熟肥料的区别】腐熟肥料在发酵期间需要大量的氧气 ， 会产生大量的热量和有毒气体 ， 但施用时不会与植株争夺氧气；而未腐熟肥料施用时在土壤中完成发酵 ， 会和植株争夺氧气 ， 产生的热量会灼伤根系 。
杂质腐熟肥料杂质较少 ， 未腐熟肥料中含有大量病菌、虫卵 ， 植物容易受病虫危害 。
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气体蚯蚓可在施用了腐熟肥料的土壤里存活 ， 可以疏松土壤 ， 促进植物根系发育；而未腐熟肥料中有苯酚或氨气残留 ， 不适宜蚯蚓生存 。
利用率腐熟肥料一部分养分转化为速效养分 ， 能够被植物快速吸收；而未腐熟肥料中的氮肥以尿酸或者尿酸盐的形式存在 ， 作物不仅不能吸收 ， 还对作物的根系生长发育有害 。
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