两者都是货运代理人收讫货物证明 。
两者的区别如下：
1、FCR一般只出现在FOB贸易条款和EXW（工厂交货）贸易条款下，提单的使用则无此局限 。
在FCR运输方式下，货物买方多为著名的国际超市或大型建筑项目的采购商，这些客户的订单一般具有量大、周期长的特点，一份订单很可能分多次运输，买方为节省时间和运费，在订立买卖合同时常常要求采用FOB价格条款或EXW价格条款 。
2、FCR只是收据,而非提单这样的物权证明，FCR如同货物收据(Cargo Receipt)似的,谁都可以开具；提单是承运人和托运人之间的契约证明，在法律上具有物权证书的效用 。
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3、银行接受提单和FCR的条件有所不同 。
跟单信用证统一惯例(UCP500)第30条规定：除非信用证另有授权,银行仅接受运输行签字的在表面上具有下列注明的运输单据：注明作为承运人或多式联运经营人的运输行名称,并由作为承运人或多式联运经营人运输行的签字或以其他方式证实 。
4、提单和FCR的可转让性不同 。
依据我国海商法的规定，除记名提单外，指示提单和不记名提单均可转让，可转让性意味着提单持有人可以在目的地通过提交单证来获得货物所有权，而不论此时的提单持有人是否是和货物托运人签订买卖合同的买方 。
FCR与提单不同，在目的地交付货物并不依赖FCR的转递，原因在于FCR不具有与交付相关的固有属性即可转让性，FCR是不可转让的单证，货物只能交给FCR记名的收货人 。
参考资料来源：百度百科-海运提单
参考资料来源：百度百科-FCR
【FCR和正本BL的区别】
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