第二阶段：茎和子叶长出，时间从第一阶段结束到根长1.2-1.4厘米，子叶长出 。土壤温度降低，保持20℃-24℃，光照调至5400-13000lux 。子叶一旦展开每周即可施用50-75ppm的14-0-14缓释肥，幼苗根系穿透基质后可让土壤见干见湿，但避免干燥，否则幼苗将停止生长 。这一阶段一般持续7-10天 。
第三阶段：根系深入穴盘，达2.5厘米，出现2-3片真叶 。这一阶段的重点应放在浇水和施肥管理上，使花烟草产生发达的根系 。每24小时进行一次干湿循环周期，增加施肥的浓度，一般一周施用一次100-150ppm氮肥，肥料可采用20-10-20和14-0-14交替使用 。土壤温度可逐渐降低，保持18℃-21℃即可，此阶段光照保持在13000-16000lux，可采用B9控制株型 。这一阶段在200穴的穴盘中一般持续4-6周 。
第四阶段：这一阶段后期，发达的根系占据整个穴孔，花茎应有3-4片叶子 。此阶段的重点还在于浇水和施肥管理 。土壤温度必须保持16℃-17℃，光照可上升至16000-38000lux 。施肥同第三阶段，但此阶段后期上盆前7-10天需减少浇水与施肥，以适当炼苗 。
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